Με τη δολοφονία του Καποδίστρια στις 27 Σεπτεμβρίου 1831 μπροστά από την πόρτα του ναού του Αγίου Σπυρίδωνος, το Ναύπλιο βίωσε την πολιτική βία. Παρ’ όλες τις προσπάθειες και τις επεμβάσεις, η κατάσταση του Ναυπλίου δεν άφησε θετική εντύπωση στον Όθωνα και την Αντιβασιλεία που αποβιβάστηκαν στην πόλη τον Ιανουάριο του 1833.
Οι υποδομές της πόλης ήταν σε τραγική κατάσταση ή και ανύπαρκτες σε ορισμένες περιπτώσεις, ενώ και τα οικήματα που είχαν ετοιμαστεί για να φιλοξενήσουν τον βασιλιά και τους ακολούθους του, ήταν σε απερίγραπτη κατάσταση. Την πρώτη μέρα της άφιξης της Αντιβασιλείας το οίκημα που είχε ετοιμαστεί για τον Maurer δεν διέθετε «ούτε κάθισμα, ούτε τραπέζι, ούτε κονδυλοφόρον, ούτε μελάνι» και αναγκάστηκε να γράψει με μολύβι ακουμπώντας πάνω στον τοίχο του δωματίου.
Έτσι λοιπόν η συζήτηση για την επιλογή της πρωτεύουσας της Ελλάδας ξανάνοιξε. Σαν σήμερα πριν 184 χρόνια, στις 18 Σεπτεμβρίου του 1834, ο Όθωνας, μετά από παρότρυνση του πατέρα του Λουδοβίκου, ο οποίος λάτρευε την αρχαία Ελλάδα, αποφάσισε ότι νέα πρωτεύουσα της Ελλάδας θα γινόταν η Αθήνα.
Η απόφαση για τον ορισμό της μελλοντικής ελληνικής πρωτεύουσας, κάθε άλλο παρά εύκολη ήταν. Προσωπικότητες της εποχής, πολιτικοί, αλλά και εξειδικευμένοι επιστήμονες (αρχιτέκτονες, πολεοδόμοι κ.α.) πήραν μέρος στη συζήτηση, προσπαθώντας να επηρεάσουν τις εξελίξεις και την τελική απόφαση. Οι πόλεις που προτάθηκαν ήταν, μεταξύ άλλων, η Κόρινθος, τα Μέγαρα, ο Πειραιάς, το Άργος, καθώς και το Ναύπλιο, η μέχρι τότε πρωτεύουσα της χώρας.
Οι Μωραΐτες υποστήριζαν την επιλογή του Άργους ή της Τρίπολης ή της Κορίνθου, ενώ οι Στερεοελλαδίτες της Αθήνας. Ο αρχιτέκτονας Γκούτενσον πρότεινε για πρωτεύουσα τον τότε ασχημάτιστο ακόμα οικιστικά Πειραιά. Επιπλέον, προτάθηκε από μέλος της Αντιβασιλείας η λύση της κινητής πρωτεύουσας. Η πρόταση αυτή προέβλεπε να μετακινείται η πρωτεύουσα σταθερά και σταδιακά με βορειοανατολική κατεύθυνση ως εξής: από το Άργος στην Κόρινθο, τα Μέγαρα και την Αθήνα, και κατόπιν, με την προοπτική της επέκτασης των συνόρων, στη Λάρισα, τη Θεσσαλονίκη και εν τέλει στην Κωνσταντινούπολη!
Η Αθήνα ανακηρύχθηκε τελικά σε «Βασιλική καθέδρα και πρωτεύουσα» και οι κάτοικοι που δεν ξεπερνούσαν τις 7.000, γιόρτασαν το γεγονός. Η Αθήνα ήταν τότε ένα «μεγάλο χωριό». Τα σπίτια των κατοίκων έμοιαζαν με παράγκες και γύρω από τις συνοικίες υπήρχα μεγάλα χωράφια, που χρησιμοποιούνταν για καλλιέργεια ή βοσκοτόπια.
Η πόλη εκτεινόταν γύρω από την Ακρόπολη (περίπου από του Ψυρρή έως του Μακρυγιάννη), έχοντας ως κέντρο της την περιοχή της Πλάκας (την Παλιά Πόλη). Από τα μεγάλα προβλήματα της νέας πρωτεύουσας ήταν η έλλειψη συστήματος ύδρευσης (νερό έπαιρναν από τις πηγές), καθώς και η ανυπαρξία δημόσιου φωτισμού και συγκοινωνιών, ενώ υπήρχε παντελής έλλειψη υπηρεσιών ή άλλων κοινωνικών αγαθών.
Ο Όθων, όπως είχε κανονιστεί, στις 29 Νοεμβρίου / 11 Δεκεμβρίου 1834 ξεκίνησε έφιππος διά ξηράς. Δεν θέλησε να σηματοδοτήσει την αποχώρησή του σύμφωνα με το πρωτόκολλο με 101 κανονιοβολισμούς, για να δείξει ότι δεν εγκατέλειπε με χαρά το Ναύπλιο, ένα μέρος άλλωστε, για το οποίο διατηρούσε θετικές αναμνήσεις. Επιβιβάστηκε σε ελληνικό ατμόπλοιο στο λιμάνι της Παλαιάς Επιδαύρου με προορισμό τον Πειραιά.
Το Ναύπλιο υπήρξε η εθνική πρωτεύουσα επί ένδεκα χρόνια, σε δύσκολους καιρούς συλλογικής προσπάθειας αλλά και αντιπαλότητας. Η μεταφορά της πρωτεύουσας το οδήγησε σε απότομη διακοπή όλων των εκφάνσεων του δημόσιου και ιδιωτικού βίου. Ο χαρακτήρας, η κοινωνική συγκρότηση, η οικονομική ζωή του άλλαξαν ριζικά. Χάθηκαν τα διοικητικά και οικονομικά προνόμια που απολάμβανε ως καθέδρα.
Μερικές, ωστόσο, αρχές (η πολιτική Διοίκηση, τα Δικαστήρια –Πρωτοδικείο, Εφετείο και Εμποροδικείο–, το Γυμνάσιο, το Στρατιωτικό Αρχηγείο Πελοποννήσου) παρέμειναν στο Ναύπλιο προς μεγάλη δυσαρέσκεια δύο άλλων πελοποννησιακών πόλεων, του Άργους και της Τρίπολης, οι οποίες επανέρχονταν με αιτήματα μετάθεσης του Γυμνασίου ή κάποιας διοικητικής αρχής στις πόλεις τους.