Μετά την πτώση των δύο νησίδων, η θέση των πολιορκουμένων κατέστη δεινή, μετά και την αποτυχία του Μιαούλη να διασπάσει τον ναυτικό αποκλεισμό.
Η πείνα και ο τύφος θέριζαν μέσα στην πόλη. Γυναίκες, παιδιά, τραυματίες, γέροντες και μαχητές τρώγανε φύκια, δέρματα, ποντίκια και γάτες! Έτσι αποφασίστηκε σε συμβούλιο οπλαρχηγών και προκρίτων στις 6 Απριλίου η έξοδος και ορίστηκε γι’ αυτή, η νύχτα του Σαββάτου του Λαζάρου προς Κυριακή των Βαΐων (9 προς 10 Απριλίου). Τα μεσάνυχτα, σύμφωνα με το σχέδιο, χωρίστηκαν σε τρεις ομάδες, υπό τους Δημήτριο Μακρή, Νότη Μπότσαρη και Κίτσο Τζαβέλα, με την ελπίδα να διασπάσουν τις εχθρικές γραμμές, επωφελούμενοι από τον αιφνιδιασμό των πολιορκητών. Νωρίτερα είχαν σκοτώσει τους τούρκους αιχμαλώτους, ενώ στην πόλη παρέμειναν τραυματίες και γέροι.
Oι δυνάμεις του Ιμπραήμ τους πήραν χαμπάρι και τους κατέσφαξαν με τα γιαταγάνια τους. Μέσα στο Μεσολόγγι είχαν αρχίσει οι σφαγές από τους Τουρκοαιγύπτιους, που είχαν εισβάλει από άλλο σημείο της πόλης. O δημογέροντας Χρήστος Καψάλης, όταν κυκλώθηκε από τους εισβολείς στο σπίτι του, όπου είχαν συγκεντρωθεί τραυματίες, γέροντες και γυναικόπαιδα, έβαλε φωτιά στην πυριτιδαποθήκη, ενώ ο μητροπολίτης Ρωγών Ιωσήφ ανατίναξε τον Ανεμόμυλο. Το πρωί της 10ης Απριλίου, ανήμερα των Βαΐων, η οθωμανική ημισέληνος κυμάτιζε στα χαλάσματα του Μεσολογγίου.